不同类型的证券在不同的机构存管。日本银行作为日本政府债券（Japan Government Bond,缩写为GJB）的中央证券存管机构（Central securities depository，缩写为CDS）参与证券结算系统的运行；日本证券存管中心（Japan Securities Depository Center，缩写为JASDEC）是股票的中央证券存管机构。其余类型的债券没有CDS，它们与为数大量的证券登记机构和日本债券结算网络（Japan Bond Settlement Network，缩写为JB Net）一起构成了公司债券和其余证券的结算系统。各种债券以及交易所股票交易的结算均采取券款对付（Delivery versus payment，缩写为DVP）的结算方式。
在零售支付中，小额支付大批运用现金。企业和个人之间则普遍运用电子转账服务，这类支付渠道包含直接借记和直接贷记。尽管电子货币和借记卡的运用非常有限，但是信用卡的运用却非常广泛。由政府运营的邮政局供应的邮政积蓄账户和邮政转账服务也被公众普遍运用。
零售支付服务途径显现多样化趋势，新的支付手段如互联网和移动电话，和传统支付途径如银行窗口和自动柜员机（Automated teller machine，缩写为ATM）等并行存在。便利店已经形成缴纳公有事业费最常用的地点。
一、日本支付结算的制度和法律框架
在日本没有一部统一的或综合性的法律来管理支付和证券的结算，而是由很多法规综合在一起形成了支付和证券结算的法律基础。支付方面的法律包含《预付卡法》、《资本金认定法》、《银行法》、《邮政积蓄法》、《邮政资金转账法》和《邮政汇票法》；证券结算方面的法律包含《公司和其余债务证券的簿记转账法》（后称公司债务证券转账法）；支付轧差安排方面，有《金融机构参与的特定金融交易的抛售轧差法》对清算执行约束。
日本大部分管理金融活动的有关法律都规定日本首相是负责处理金融方面各种困难的行政主管。这些法律中包含了对支付和证券结算领域执行管理和监督的有关法规。依据有关法律条款的规定，首相事实上把行政主管的权力委托给了金融厅（Financial Services Agency，缩写为FSA）。另外，财务省大臣负责日本政府债券（JGB）的有关事务。法务省大臣对管理证券簿记转账的法规负责。这些法规是民法和商法的一部分。
依据《日本银行法》规定，日本银行作为日本的中央银行，其目标是对纸币、通货和货币执行控制、保证银行和其它金融机构间的支付结算顺遂执行、维护有序的金融体系。所以日本银行对民营支付结算系统执行监督以达到在《日本银行法》第1条中规定的目标，即“保证银行和其它金融机构间的资金结算能顺遂执行，进而为维护一个有秩序的金融体系作出贡献”。另外，《日本银行法》还规定，除了第33条提及的经常性业务，如吸收存款和资金转账（BOJ-NET资金转账系统的基本业务）之外，日本银行可以依据首相和财务省大臣的授权，在完成经常性业务的同期，从事有利于资金顺遂结算的业务。这包含经营FXYCS和JGB簿记系统。
二、日本银行间支付结算系统
日本的银行间支付系统由四个首要系统构成：（1）汇票和支票清算系统；（2）全银报告通信系统(Zengin System ) ；（3）外汇日元清算系统(FXYCS)和（4）BOJ-NET资金转账系统。前三个系统的经营和管理由民营部门负责，参与机构在日本银行开设的往来账户，用以结算彼此之间支付的净头寸。BCCS和Zengin System首要用于小额转账。而FXYCS和BOJ-NET资金转账系统首要用于大额转账。
（一）汇票和支票清算系统（BCCS）
汇票和支票清算系统（BCCS）首要为同一地区的金融机构供应汇票和支票的交换清算服务。截止2001年，日本共有540家汇票支票清算所。其中，东京清算所的票据交换清算金额占日本全国清算所的70%以上。
大中型金融机构，包含银行和外国银行在日本的分支机构，均为BCCS系统的直接参与机构。小型金融机构通过直接参与机构间接地加入系统执行清算。到2001年12月，加入东京清算所执行清算的金融机构为421家，其中121家为直接参与机构。日本首要的清算所由多地银行家协会负责管理（比如，东京清算所由东京银行家协会（Tokyo Bankers Association，缩写为TBA）负责经营）。BCCS系统的结算量从2001年到2006年有显著的下滑，原因是近年来传统的汇票和支票融资正被银行信贷所取代，这类资金的支付结算因此也转向Zengin系统。
（二）全银报告通信系统（Zengin System）
全银报告通信系统(Zengin System)是一个国内银行间资金转账的小额清算系统，于1973年开始运行。此外，很多小型金融机构，如信用金库、信用合作社、劳工信用协会、农业运用合作社以及区域性银行团体都有它们自己的银行间清算系统。这些清算系统的结构都与Zengin System类似。
银行以及外国银行在日本的分支机构等金融机构直接参与Zengin System的清算。小型金融机构参与Zengin System则是分别通过它们各自与Zengin System连接的清算系统来达到。到2001年12月，加入Zengin System的金融机构共有2,021家，其中154家是直接参与机构。最终用户还包含企业和个人。
Zengin系统同BCCS系统一样，由东京银行家协会（TBA）负责经营。2006年Zengin系统的日均清算量胜过了10万亿日元。
（三）外汇日元清算系统（FXYCS）
外汇日元清算系统(FXYCS) 是于1980年建成的大额支付系统，以简化跨境金融交易日元支付的清算过程。最初，系统的运作是建立在处理纸质单据的基础上。为了适应外汇交易量的迅速上涨，1989年东京银行家协会（TBA）对该系统执行了改造，达到了系统的自动化，并把运营权委托给日本银行。从此，外汇交易的日元清算就通过日本银行BOJ-NET系统执行。
FXYCS系统处理跨境金融交易所造成的日元支付，这些跨境金融交易包含外汇交易、日元证券交易和进出口贸易的支付。
FXYCS由东京银行家协会(TBA )拥有。它的自动化系统是BOJ-NET的一部分。到2001年年末，参与FXYCS系统的金融机构共有244家，包含73家外国银行在日本的分支机构。其中有40家是BOJ-NET系统的直接参与者，其余的204家是间接参与者，他们要通过直接参与者加入FXYCS系统。
此外，连续联结清算(Continuous Link Settlement，缩写为CLS)银行于2002年进入日本，在日元外汇结算中也起到重要作用。当前FXYCS首要承受外汇交易日中元的结算功能，而CLS负责多边货币的支付清算功能。2006年FXYCS日均交易额高达18万亿日元，CLS日均交易额高达30万亿日元。
（四）日本银行金融网络系统（BOJ-NET）
BOJ-NET资金转账系统于1988年建成，它是一个联机的电子大额资金转账系统，也是日本支付结算系统的核心。BOJ-NET由两个子系统构成：一个是用于资金转账的BOJ-NET资金转账系统；一个是用于JGB结算的BOJ-NET JGB服务系统。尽管BOJ-NET资金转账系统从建成起就为资金的结算给予了两种结算方式，即定时净额结算和实时全额结算(RTGS)，但在2001年初日本银行废除了定时净额结算该种结算方式，致使RTGS形成BOJ-NET系统惟一可用的结算模式
日本银行供应的大部分支付服务都可以通过BOJ-NET资金转账系统处理，它们包含：(1)同业拆借市场和证券交易所引起的金融机构之间的资金转账；(2)在与一金融机构的不同账户之间的资金转账；(3)民营清算系统造成净头寸的结算；以及(4)金融机构和日本银行之间的资金转账，包含在公开市场操作的交易。通过BOJ-NET资金转账系统执行的大部分资金转账均为贷记转账，但机构内的资金划拨，也可以通过借记转账来执行。
BOJ-NET资金转账系统为日本银行所有，并由日本银行负责经营。到2001年末加入BOJ-NET资金转账系统的金融机构共有383家，其中包含162家银行，72家外国银行在日本的分支机构、83家信用金库、5家合作社的中央机构、46家证券公司、3家货币市场经纪商和其余一部分金融机构，如证券交易所。2006年，BOJ-NET系统资金日均清算交易额高达102万亿日元。
三、日本非银行间支付媒介
银行存款是在日本执行零售支付中最普遍运用的支付媒介，在小额支付中则经常运用现金。另外，邮政积蓄也广泛地被用于支付。
就指令性支付工具来说，首要的支付工具是银行账户基础上的各种存款支付工具，如直接借记、贷记转账、信用卡和借记卡等无纸化媒介。汇票和支票的运用一直在降低。
在以往几年里支付途径发生了明显改变。除了ATM和公司银行服务外，新的支付途径如因特网银行、手机银行、便利店银行等供应的服务一直在稳定发展。
现金和存款
日本当下发行四种面值的纸币：1,000日元、2,000日元、5,000日元和10,000日元以及6种面值的硬币：1日元、5日元、10日元、50日元、100日元和500日元。
银行存款可作为指令性支付工具(如直接借记、贷记转账、信用卡、借记卡、汇票和支票)的一种。这类工具执行的支付一直在增长，这部分反应了多种支付途径，如ATM系统、因特网银行、手机银行以及便利店银行的成长。
（二）电子货币
1997年至今，一部分基于信息卡的产品已经开始了商业运用。2001年Mondex向一部分企业供应它的电子货币服务，在员工的ID卡上加入电子货币功能，该种卡只能在办公大楼里运用。2001年11月，一种被称为Edy的嵌入感应式智能卡开始运用，该种卡可以用来在因特网的虚拟购物商场、少数办公大楼、购物中心和便利商店执行支付。
（三）预付卡
预付卡是一种持卡人在买入该卡时即预存现金的电子卡，可用于发卡商供应的特定消费服务，在运用时读卡机一般会表明所余下额。1989年生效的《预付卡法》强制要求发卡商将已发行的卡里未运用金额的一半存入法务省的法律事务管理局，以保护持卡人的利益。
（四）直接借记
预先计划的直接借记是一种银行间资金转账安排，被普遍地运用在大规模的经常性支付中。这项服务的第一次应用是在1955年支付电话费账单。从20世纪60年代初开始直接借记服务得到了快速的扩展，当下已经被普遍地运用在公共事业费、信用卡账单、税款、学费、保险费和贷款偿还等各类费用的支付中。
（五）贷记转账
向异地的收款人汇款，或是需要支付大笔资金时，最常用的付款方式是贷记转账。大部分贷记转账是运用电子资金转账系统执行银行间或银行内支付。银行间贷记转账一般通过民营清算系统，如Zengin System执行处理，有时也会直接通过BOJ-NET的资金转账系统执行。
（六）借记卡
1984年日本的银行开始供应与今天的借记卡类型相同的服务，命名叫“Bank POS"。日本借记卡促进委员会于1999年1月开始供应一种叫做“J-Debit”的借记卡，该服务在2001年3月扩展到全国。
（七）汇票和支票
汇票用于商业部门的支付并能够在银行贴现。支票在政府机构和企业中被普遍地运用，但很少用来支付薪资，而且个人也很少运用支票来支付账单，包含信用卡账单和公共事业费账单的支付。托收后的汇票和支票通过同城清算所在银行间执行交换。近年来，运用纸质票据支付工具的交易量一直在下滑。
（八）ATM
自动柜员机(ATM)于1969年由几家城市银行首先引入，在20世纪70年代很多银行采取了联网计算机系统，致使ATM得到了快速的推广。当下，ATM既能接受纸币也能接受硬币，既供应取款服务，也供应存款服务，并能处理信用转账和贷款。
当前，日本有9个首要的ATM联机网络，同一类型的金融机构一般用同一个网络服务。作为9个网络系统的中转中心，多功能集成提款服务(Multi Integrated Cash Service，缩写为MICS)系统于1990年建成，负责全国规模的ATM报告传送，并供应清算服务。运用ATM网络而引起的行间贷方和借方头寸在每个交易日终结后执行计算。计算出的银行间净头寸和其余行间支付一起通过Zengin System或金融团体自己的清算系统再一次执行清算，然后通过在日本银行或在金融团体的中央机构开设的账户执行结算。
（九）公司银行业务
公司银行业务(Firm banking，缩写为FB)是公司客户在他们的办公场所就可以运用的联机银行业务服务。运用FB服务的企业一般通过电子请求自动应答网络系统(Automatic answer Network System for Electrical Request，缩写为ANSER)或现金管理服务中心(Cash Management Service，缩写为CMS)与他们的银行相连。ANSER是NTT(日本电报电话公司)的报告公司从1981年开始供应的一个连接企业和银行的报告传输系统。共享CMS中心于1987年开始运行，它可以使公司通过一次访问就可以和多家银行执行联系。
（十）家庭银行业务
家庭银行业务允许个人在家里联机处理他们的银行业务，首要有电话银行业务、手机银行业务和电视银行业务。
（十一）便利店银行业务
便利店代替公共事业服务公司和电信公司接收消费者清偿账单的支付，然后通过贷记转账将相应的款项转交给收款公司。该种支付接收服务始于1987年，而且它的运用一直在上涨。1999年后，便利店亦在店内安装了ATM ，消费者可以得到多家银行的ATM服务，包含在某些情形下银行供应的消费者融资服务。
四、日本证券支付结算
日本银行和日本证券存管中心(JASDEC)分别是日本政府债券(JGB)和股票的中央证券存管机构(CSD)。JGB交易通过BOJ-NET的JGB服务系统以实时的DVP方式执行结算，JGB服务系统是处理金融机构之间JGB转账的联机系统。存放在JASDEC股票的交易以簿记登录的方式执行结算，在证券交易所执行的股票交易的结算则采取DVP方式执行。公司债券和其余债券如政府担保债券和市政债券是在证券登记商的账簿上执行登记和转账，在日本有很多如此的证券登记商。JB Net是一个与参与者(投资商和平台商)、证券登记商和日本银行相连的联机网络系统，通过它登记债券的交易可以按DVP方式结算。从2003年开始，在新的法律框架下，商业票据（Commercial Paper，简称CP交易的登记运用JASDEC开发的簿记系统，用DVP方式对商业票据的交易执行结算。
证券的类型不同，其结算周期也不同。对于企业债券、市政债券、股票和JGB来讲，T+3滚动结算是标准的周期。但对于公开市场操作JGB。交易的结算周期会依据情形不同分别为T+1、T+1、T+2和T+3。CP的结算为T+1或T+2。
（一）日本政府债券和票据
长期以来，日本在场外交易（Over-the-counter，缩写为OTC）市场中没有处理JGB交易的交易证实系统或清算系统。2001年，由36家券商和交易所发起组建了日本国债清算机构（Japanese government bond Clearing Corporation，缩写为JGBCC）的计划，2005年5月开始正式运行。作为JGB市场的中央交易对手（CCP），日本国债清算机构负责撮合市场双方的交易并最终在日本银行BOJ-NET系统中完成清算和支付。
此外，日本有两种不用执行证券实物交割的JGB结算安排：JGB登记系统和JGB簿记登录系统。证券凭证的实物交割即使是可行的，但当下很少运用。
依据政府债券法，JGB登记系统于1906年建成，日本银行是系统中的债券登记机构。在这个系统中，登记是由登记机构以簿记方式执行的，所以JGB的转账不需要执行债券的实物交割。该系统的参与者不局限于金融机构，任何JGB的持有者都能够运用这个系统。
JGB登记系统和JGB簿记登录系统的JCB转账均为通过BOJ-NET的JGB服务系统执行处理，该系统由日本银行拥有、管理并专门服务于JGB的转账处理。1994年，通过把BOJ-NET JGB服务和BOJ-NET资金转转账系统连接起来达到了DVP方式的结算。
JGB登记系统或JGB簿记登录系统的参与者可以以书面的形式或联机的形式，通过BOJ-NET JGB服务系统把JGB交割指令发送给日本银行。
从1997年起，JGB交易的结算一直是按T+3的周期执行。在1996年滚动结算被引进以前，JGB的结算按市场惯例大体上在每个月的5日、10日、20日、25日和最后一个工作日执行，从交易发生到结算之间的平均间隔约为7日。
从2003年1月27号开始经营的JGB簿记登录系统还承受2002年6月生效的《公司债务证券转账法》的制衡。在新系统中，达到了日本政府债券JGB，短时间贴现国债（Treasury Bill，缩写为TB）和短时间政府债券（Financial Bill，缩写为FB）的无纸化。这些证券的交割也根据新法律以簿记登录的形式达到，而结算的基本机制没有更改。
（二）公司债券和其余债券
与JGB相同，公司债券和其余债券(即非JGB的债券)，如政府担保债券、市政债券、金融债券和日元外国债券，首要在OTC市场上执行交易。
依据公司债券和其余债券登记法，多数未清偿的公司债券和其余债券均为以登记证券的形式在登记商处存管。债券的发行单位不同，登记商也不同，当前大概有160家银行是不同债券的登记机构。公司债券和其余债券的实物凭证交登记商存管，并以无纸化的形式执行登记。
日本债券结算网络(JB NET)有限公司负责营运一个连接参与者(投资人和平台商)、登记商和日本银行的联机网络系统，并通过该网络以DVP方式对债券交易执行结算。
（三）商业票据
商业票据(CP)市场始于1987年。1998年管制政策的松懈致使银行可以发行CP，公司也可以直接面向最终投资人发行CP(即所谓的直接发行)，这极大地促进了CP市场的成长。
在日本没有保管CP的CSD。一般CP的发行都没有标明融资人的名称(即所谓的末署名债券)，它们在二级市场上执行交易。在回购交易中，CP的交割一般是通过转让卖方准备的存放凭证而达到，CP证书在兑现以前一直以实物的形式存放在平台商处。当前大部分CP交易的结算周期均为T+1或T+2。
依据公司债务证券转账法，从2003年3月开始，发行无纸化的商业票据，而且运用JASDEC开发的簿记登录系统，按DVP方式执行结算。
（四）股票和可转换债券
当前日本共有五大证券交易所，依照2006年上市公司数量排名依次是：东京证券交易所（2391家）、大阪证券交易所（1073家）、日本券商协会自动报价（Japan Association Of Securities Dealers Automated Quotation，缩写为JASDAQ）市场（971家）、名古屋证券交易所（391家）、福冈证券交易所（146家）和札幌证券交易所（85家）。绝大部分上市股票的交易是在东京证券交易所执行的。交易也包含场外交易，都通过JASDEC簿记登录系统执行结算。JASDAQ市场是依据证券和交易所法的相关条款，由日本券商协会(Japan Securities Dealers Association，缩写为JSDA)管理的一个OTC交易市场。在这个市场中，股票交易的处理和价格信息的供应都通过JASDAQ系统执行。
1、在证券交易所执行的交易
证券交易所为在交易所内执行的交易供应结算前的预处理服务，如交易的证实和轧差。
对于在东京证券交易所、大阪证券交易所和名古屋证券交易所执行的股票交易来讲，证券交易所自己就是场内交易的中央对手方(CCP)。对它们所代表参与者的双边债务执行冲销，进而达到市场参与者之间的多边轧差。在这个处理过程中，股票交割的轧差分品种执行，而资金转账的轧差则包含(逾越)所有的发行品种。
在其余两个证券交易所执行的股票交易，股票交割分品种执行多边轧差，资金转账是在包含了所有发行品种股票交易的基础上执行多边轧差。但是，从法律意义上讲，这两家交易所并没有充当所内股票交易的CCP。
2、在JASDAQ市场执行的交易
在JASDAQ执行的股票交易由日本券商协会自动报价市场公司（JASDAQ Market, Inc.）执行证实，该公司是JASDAQ市场的经营者和中央对手方(CCP)。
2003年前，证券和资金的转账都按全额的方式执行但还没有达到DVP结算。卖方交付给买方的股票，通过日本券商协会自动报价市场公司在JASDEC开设的账户执行交割。买方支付给卖方的资金，通过日本券商协会自动报价市场公司在指定结算银行开设的账户执行转账。
从2003年1月起，五家证券交易所和JASDAQ市场的股票交易都通过日本证券清算公司以DVP方式执行结算。日本证券清算公司是一家新建的清算服务公司，它作为统一的中央对手(CCP)供应的服务与东京证券交易所类似。
3、其余交易
为对机构投资商的股票交易执行证实，JASDEC开发了一个结算前撮合系统，并于2001年9月投入运用。该系统的用户包含投资信托/咨询公司、信托银行、托管银行、寿险/非寿险保险公司以及证券公司。除了处理国内机构投资商执行的股票交易外，系统于2002年2月开始处理跨国证券交易和可转换债券的交易。