投资部门结构是指投资资金在各部门之间的分配比例关系。国民经济可以分为大量的部门，首要有两大类，即物质生产部门和非物质生产部门。物质生产部门又可分为生产资料生产部门和消费资料生产部门，生产资料生产部门和消费资料生产部门还可更深一步细分。把投资资金分配干不同的部门，形成不同层次的投资部门结构。
比如，投资资金在物质生产部门和非物质生产部门之间的分配，即形成生产性投资与非生产性投资的比例，这是一种较为粗放的投资部门结构，又如，投资资金在农业、工业、服务业等具体部门之间的分配，是从微观意义上来说的一种投资部门结构。
投资部门结构的演变
一般来说，伴随生产力的成长和人均收入的提升，投资首先由第一产业向第二产业转移，再由第二产业向第三产业转移。在农业时代，第一产业投资比重占绝对优势，伴随农业向工业化的转变，第一产业的投资比重渐渐下滑，第二、三产业的投资比重渐渐提升。
投资部门结构演变的首要原因：
消费需求结构的改变； 科学技术进步； 三次产业的相互关系。