跨系统转汇是指汇划往来的汇旅行与汇入行，分别为两家不同的银行系统。汇划往来起码要涉及两家银行系统。
跨系统转汇的核算
（一）设置会计科国跨系统转汇的会计科目首要有两种，即“存放同业款项”科目和“同业存放款项”科目。
1．“存放同业款项”科目。本科目属于资产类科目、核算银行间日常结算往来款项而存入其余银行的各类存款。存入他行款项时，借记本科目；清算同业往来差额时，贷记本科目。余额应当在借方。本科目按往来单位设明细账。
2．“同业存放款项”科目。本科目属于负债类科目，核算银行之间日常结算往来款项，同业存入本行的各种存款。同业存入款项时，贷记本科目；清算同业往来差额时，借记本科目。余额应当在贷方。本科目按往来单位设明细账。
（二）跨系统转汇的账务处理（1）汇出地为双设机构地区的核算：按“先横后直”方法转汇
1.汇旅行的核算：可通过“同业存放款项”帐户核算
2.转汇行的核算：可通过“存放同业款项”帐户核算
3.汇入行的核算：运用联行往来类科目
汇出地商业银行：
借：活期存款
贷：同业存放款项
汇出地转汇行：
借：存放同业款项
贷：联行存放款项
汇入地商业银行：
借：存放联行款项
贷：活期存款
（2）汇出地为单设机构地区：按“先直后横”方法转汇
1.汇旅行的核算：可通过联行往来类帐户核算
2.转汇行的核算：可通过“同业存放款项”帐户核算
3.汇入行的核算：运用“存放同业款项”帐户核算
汇出地商业银行：
借：活期存款
贷：联行存放款项
汇入地转汇行：
借：存放联行款项
贷：同业存放款项
汇入地商业银行：
借：存放同业款项
贷：活期存款