公司治理结构中的内部控制，一般包含内部管理控制和内部会计控制两个方面。内部会计控制是企业管理者为保证会计记录与实物资产相统一，保证企业计划顺遂完成与有关财务资料真实牢靠而设立的一连串会计管理规章制度的总称。在公司治理中，完备的内部会计控制制度是降低会计信息失真，加深会计监督的重要保证。
完善的内部会计控制是更深一步深化经济体制改革的重要条件，是市场经济条件下企业会计资料完整与真实的必要保障。第一，内部会计控制制度的建立有助于促进企业产业结构调整顺遂执行，保证企业运营机制和管理体制的转变。第二，有助于促进企业运营活动合理化。第三，有助于维护企业资源的安全，保护股东和债权人利益。第四，有助于促使企业完善内部管理控制体系，保障会计人士行使职权，提升会计人士严格执法的积极性。美国注册会计师协会审计准则委员会在《审计准则公告第55号》中，将内部控制结构分为三个方面，即控制环境、会计制度和控制程序。控制环境的影响要素包含运营计划、利润计划、内部审计及责任会计等，会计制度包含企业经济业务处理的各种会计程序；控制程序则是指企业有关交易处理，资产和纪录的实物控制等。现代公司治理结构中的内部会计控制，既是内部管理控制的基础，也是企业财务会计制度的重要构成部分。完善内部控制制度应考虑下方几个方面。
首先，内部会计控制与社会审计相结合。内部控制是管理现代化的产物，而内部会计控制制度的造成和发展可以促使审计工作从全面详细性审计发展为制度基础性审计。内部会计制度与社会审计的有机结合，有助于社会审计在评价内部会计控制的完善性和事实实施的有效性审计中提出积极有效建议，帮助企业完善会计制度体系。
其次，内部会计控制与内部审计相结合，提升公司内部审计的自觉性。一般情形下，企业内部审计带有很强的强制性，尽管机构齐全，但常常制度不完整，业务不规范。近年来在我国证券市场中因供应虚假会计信息而显现的大案要案中，多是在公司主管的授意和强令下做出的，内部审计形同虚设。所以只有将内部审计与内部会计控制制度有机地结合在一起，才可避免内部审计失控。建立完备的内部控制制度有助于企业提升内部审计的自觉性。一个完整的内部会计控制制度，务必要有内部审计来监督实施，以及时发现困难，纠正偏差，修订并完善制度。
第三，内部会计控制与经济责任制相结合，提升企业经济效益。伴随改革的更深一步深入，搞活内部机制逐渐成了一部分企业的中心环节。而要搞活内部机制，一面应理顺企业制度与国家经济制度的关系，另一面应建立完善的内部控制机制。内部会计控制与经济责任制的有效结合，事实上是把衡量、考核、评价企业工作业绩与企业生产运营管理上的责任制紧密结合在一起，以此作为企业内部严密的管理系统，进而高达完善管理工作，提升管理水平和企业经济效益的目的。
第四，内部会计控制与物流相结合，提升对物流的控制能力。内部会计控制不仅是对会计机构、会计人士及有关记录数据的控制，而且是对物流的控制，即对物品的购、销、存全过程的控制。如产品的购销控制，物流成本、费用控制，收入与货币资金的控制，以使相应的会计记录与会计报表控制等等。内部会计制度与物流管理有机结合，针对企业资产流转设计会计控制制度，能有效地控制物流，提升对资产的管理水平及控制能力。
第五，内部会计控制与会计原则相结合，加强会计制度体系的完整性和严密性。一般觉得内部会计控制属于责任会计范畴，方法和原则上与公认会计原则相差甚远。其实不然，内部会计控制体系的建立应与公认会计原则相统一。一面降低内部会计控制与公认准则的方法、程序、原则上的偏差，进而高达制度上的统一性；另一面内部会计控制着重在于财务报告牢靠性和资产记录的安全性，假使控制不严密，财务数据就或许显现偏离公认会计原则现象，影响财务会计数据资料的真实性和完整性。通过对内部会计控制与公认会计原则的结合，可以提升内部会计控制的完整性和严密性。
伴随改革的更深一步深化，对企业管理结构和产业的调整要求愈加急切，如何有效地利用内部会计控制体系来保证会计资料的完整性、会计报告的真实性以及会计工作的及时性，都依靠制度的创新。而内部会计控制的创新对新事态下财务数据资料的真实性与完整性就显得更为重要。