公司设立协议,是指公民、法人或其余组织,以设立公司为目的而订立的相关将来公司的资本结构(注册资本数额、各出资人出资方式、出资数额、出资时间)、股权结构(分红比例)、公司治理结构(股东会、董事会、经理、监事会等)、公司运营规模以及出资人在设立过程中的权利和义务、公司设立不成时费用分担、违约责任以及争议的处理等内容的协议。
它是公司股东之间以设立公司为目的而促成的具体权利义务统一的意思表明,是股东之间的内部契约,本质上属于合伙协议。在公司实务中,它并没有是有限责任公司 (除采取有限责任公司形态的外商投资企业以外)的必备文件,但依照《公司法》的规定,股份有限公司中务必具有发起人之间订立的设立协议。公司设立协议的目的是确定所设公司的基本性质和结构,协调股东之间在设立公司的过程中的权利与义务的关系。
公司设立协议的法律风险
1、缺少书面公司设立协议的法律风险
在公司设立的实践中，出资人因较少考虑公司设立过程显现的困难，或缺乏书面的设立协议。因出资人之间缺少设立协议的约束，权利和义务的边界模糊，当公司设立活动显现与预想结果相悖的情形时，纠纷和诉讼机会增长。而且受于出资人放弃了清晰股东之间权利义务划分的可能，潜在的不确定法律风险将一直连续存在于公司股东之间。
2、公司设立协议约定不当的法律风险
公司设立协议从本质上属民事法律关系中的合同，所有违背公司设立协议的举动，对出资人来说均为违约举动，适用合同法的相关规定。在公司不能依法成立的情形下，设立协议显得格外重要：可以依据设立协议确定公司不能合法设立的原因;可以依据设立协议判定出资人的违约举动;可以依据设立协议确定违约人的赔偿责任等。
当公司设立协议并没有清晰约定权利义务以及违约责任时，法律风险同样存在。实践中公司设立协议约定事项违法的情形也偶有发生，协议的条款某些是个别无效，某些则或许影响公司成立。
3、设立协议的保密条款
公司在设立过程中，相关将来公司的很多报告、信息都没有采取其它保密措施，出资人之间依君子协定并没有能完全处理保密困难，在设立协议中应该清晰保密条款，特别是具有特定的专利技术、技术秘密，或者具有特殊的运营方式或服务理念的公司，更应作保密的约定。
对于公司成立后有部分股东不参与运营管理的公司，设立协议时所约定的保密条款应扩大到公司成立之后。一是避免股东利用股东身份损害成立后的公司利益;二是避免股东利用该公司的信息“另起炉灶”，与公司形成直接竞争关系。
4、缺乏股东之间约束机制的法律风险
股东作为公司的投资人和公司利益的享有者，能够了解公司的全部运营活动，但股东因出资的多少从公司获取的利益有所差异，当股东了解的运营信息能够得到远大超出其出资得到的收益时，约束股东对运营信息的滥用就显得十分必要。
公司可以通过劳动合同、规章制度等为雇员设定举动规范，公司法对董事和经理规定了基本义务，但股东举动的限定，只能通过股东之间的相互约束，包含设立协议约定和股东策划的公司章程来完成。实践中最为常见的缺乏对股东约束的法律风险体当下竞业禁止。公司股东此外投资从事与公司相同的行业，形成与公司直接或间接的竞争关系，在公司存在不参与运营的小股东的情形下，该种法律风险更为突出。
公司设立协议与公司章程的关系
公司设立协议，是在公司设立过程中，由发起人订立的有关公司设立事项的协议，性质上属于合伙协议。而公司章程是指公司的投资人策划的，对公司、股东、公司的管理人士具有约束力的调整公司内部组织关系和运营举动的自治规则。公司章程具有自治性，对全体股东具有约束力，违背内部事务自治的基本规则——公司章程要承受有关责任。
设立协议和公司章程具有统一性和很多相同之处。公司名称、注册资本、运营规模股东组成、出资形式和数额等事项是公司章程和设立协议务必注明的事项。公司章程一般以设立协议为基础，吸收设立协议的基本内容，包含：公司的组织机构、股份转让、增资、减资、合并分立、公司终止的情形等。尽管设立协议和公司章程目标具有统一性，但是，两者的性质和功能不同。
1、设立协议和公司章程的效力阶段不同，设立协议是调整公司设立过程中的法律关系和法律举动，设立协议造成在公司成立前，公司的设立阶段，经发起人促成统一签字盖章即具有法律效力。公司章程是以公司成立为前提的，在公司成立后才可生效，对股东具有约束力。
2、设立协议不是公司设立的必要法律文件。而公司章程是公司设立必备的法律文件，任何公司登记成立都务必提交公司章程。只有股份有限公司规定了发起人务必签订发起人协议。《公司法》第八十条“股份有限公司发起人承受公司筹办事务。发起人应该签订发起人协议，清晰各自在公司设立过程中的权利和义务。”
3、设立协议是不要式法律文件，依据当事人之间的意思表明形成，其内容许多的体现了当事人的意志和要求，属于契约，需要遵守合同法的一般规则；公司章程是要式法律文件，公司章程务必根据公司法策划，不能违背法律、和行政法规为前提。
4、设立协议和公司章程约束的对象不同，设立协议是全体发起人订立的，调整的是发起人之间的关系，在发起人之间具有法律约束力。公司设立过程中造成的权利和义务，发起人依照发起协议的约定承受。而公司章程调整的是股东之间、公司与股东之间公司与公司的治理机构之间的法律关系，即包含对原始发起人股东有约束力，也对依照公司章程和公司法规定后加入公司的股东具有约束力。
公司章程是法律规定的必备的法律文件，造成在设立协议之后。所以在公司成立后，应该以公司章程作为准则。设立协议和公司章程发生冲突时以公司章程规定为准，发起协议只对原始的发起人具有约束力。