指数基金(IndexFund)，顾名思义就是以指数成份股为投资对象的基金，即通过买入一部分或全部的某指数所包含的股票，来构建指数基金的投资管理，目的就是使这个投资管理的变动趋势与该指数相统一，以获得与指数大差不差相同的预期年化预期收益率。而指数基金追踪误差，指的是指数化追踪投资管理的预期年化预期收益率与目标指数预期年化预期收益率之间的偏差。
追踪误差越小，显示指数基金的运转情况也越理想，更能体现其追踪标的指数预期年化预期收益水平的能力。除了合同既定的费率原因之外，指数基金追踪误差的造成首要有两点原因。
1、复制误差
首先是受于指数基金无法完全复制标的指数配置结构导致的结构性偏离。当指数基金的某些成分股因流动性不足而很难以公允的单价买到时，指数基金将只能采取抽样复制法，增长交易活跃股票的权重，降低流动性差的股票权重。在这个过程中，指数基金的管理团队需要通过建立一连串的数量模型来控制、修正追踪误差。对复制误差的修正是非常挑战管理者能力的。
2、现金留存
其他误差造成的原因则是基金组合中的现金留存。这一点ETF基金则占有适当的优势。受于ETF是采取实物申赎的方式执行一级市场的交易，所以组合中的现金存量一般会非常低，基准指数预期年化预期收益率与现金预期年化预期收益率不统一而致使的追踪偏离会更小。
3、管理费及其它各类费用
管理费是经营ETFs、复制基准指数的成本，也是基金管理人付出劳动所应得到的报酬。管理费一般占基金净值的一定比例，如美国ETFs的年度管理费率一般占基金净值的0.08％－0.99％不等。管理费一般是逐日计算、逐月计提。从表1管理费的计算中，我们可以清楚地看出，管理费是如何降低基金单位净值进而加大ETFs追踪误差的。
很显然，管理费越高，ETFs组合预期年化预期收益率就会越低，进而追踪误差就会越大，由于基准指数是“不收任何管理费”的。所以，管理费是影响ETFs组合不能很好地复制基准指数的重要原因之一。
此外，其余包含印花税、扣缴税（WithholdingTaxes）、经纪佣金、买卖报价价差、市场打击成本、股利牵累成本、外汇波动成本、注册登记费、指数运用费和其余交易成本等各类费用成本，在ETFs复制基准指数时，也全将产生净值追踪误差。由于基准指数作为一组股票的组成，其反应的是这组股票的市值，它并没有真正拥有一个股票组合，因此也就不会面对着各种各样的税费。
4、收入及再投资差别
首先，ETFs与基准指数在成份股的股利分配数量和登记分配时间上存在着差别。采取抽样法复制基准指数的ETFs所得到的股利收入与基准指数所得到的股利收入数量不统一，由于ETFs持有成份股的只数与所持股数与基准指数是不同的。同期，ETFs与基准指数在登记股利分配的时间上也不相同（股利分配一般历经宣称日、除权日、登记日和支付日，此处指登记日）。比如MSCIiShares系列ETFs是在股票除权当日登记股利收入的，而MSCI指数则是将股利收入按12个月执行分摊后再作登记的（从2001年以后MSCI指数也采取了股票除权当日登记股利收入的做法）。另外，有些ETFs的收入来源除了股利外，还包含融出证券所得到的预期年化预期收益，而基准指数却只有股利一个收入来源。有些ETFs还没有股利收入，比如科技板块的ETFs就是这样，由于成份股不分配股利。再者，美国ETFs对非美国投资人还要征收收入扣缴税，而且实施浮动税率。可见，ETFs的收入总额受诸多原因影响。受于二者在上述几个方面存在着差别，追踪误差就不可避免。
其次，有关股利等收入再投资。ETFs的股利等收入再投资除了承受ETFs结构影响外，比如上面谈及单位投资信托结构的ETFs不能在除权后支付日立刻执行再投资外，还受经纪人能否供应“股利分配自动再投资”业务的制约。比如美国ETFs的经纪人有的供应此项业务，有的则不供应，而持有人一般不能够用数额较少的股利去买入非整数单位的ETFs，只有经历经纪人的特殊处理后才可达到再投资。如此，ETFs在股利等收入再投资方面或多或少全将与其基准指数不同步，往往形成现金牵累。结果，在上涨行情中，ETFs的预期年化预期收益或许会微差于基准指数的预期年化预期收益；而在下挫行情中，则会微好于基准指数的预期年化预期收益，进而形成追踪误差。
又一次，有关ETFs自身的预期年化预期收益分配，很多ETFs每个季度向股东支付一次股利，就像股票股利分配一样。在除权日，ETFs的单价会承受股利分配数量的消极影响。所以，在本季度内，ETFs的预期年化预期收益或许会胜过其基准指数的预期年化预期收益，体现为资本升值，形成二者的预期年化预期收益偏差。但当股利预期年化预期收益被正确地计入恰当的投资期内时，二者的预期年化预期收益偏差就会立刻消失。同样，资本利得的分配也会致使相似的预期年化预期收益偏差。显然，该种偏差不属于真实的追踪误差。
5、估值效应
估值效应是指，因采取不同的估值模型对基准指数中交易不活跃的成份股估值有差别进而致使的追踪误差。也就是说，当基准指数中含有交易不活跃的成份股时，若ETFs的基金经理采取不同于基准指数组合的估值模型的话，就会致使对同一只成份股形成两个估值，进而致使净值追踪误差。