ETF市场分为初级市场和次级市场，投资者可以在这两个市场买卖ETF。在次级市场，一般投资人把ETF当成一档上市的股票或是上市的基金就可以。在初级市场，对于较大的机构投资人或自营商来看，假使自营商符合交易所规定的标准而且与ETF的管理公司完成了签约的程序，他们就可以通过初级市场来买入或出售ETF，也就是ETF的实物申购与赎回。假使投资人的交易数量很大的话，可以选择在初级市场把一揽子股票交给管理公司，管理公司再把ETF受益凭证发行给投资者；投资者也可以把ETF受益凭证交还给基金管理公司，要求基金管理公司赎回，但是投资人得到的将不是现金而是一揽子股票。
（一）ETF的次级市场交易模式
在次级市场中，买卖ETF的方式和买卖一般上市的股票一样，投资人只要在任何合法的证券经纪商有开户的话就可以买卖，在交易时只需要填写委托书或电话委托或自助委托，就可以从事所谓的买进或出售的动作，不需要此外开户。一般的封闭式基金有涨降幅度，放开式基金标的均为股票，所以尽管没有涨降幅度，但是值得想象它每天的升降也是会有制约的。就ETF来说，涨降幅度和股票一样。对于一般的投资人来说，ETF的交易与股票相当相似，差不多没有需要特别注意的地方。当前市场上的基金多属于放开式基金。放开式基金与封闭式基金最大的不同在于封闭式基金能随时在交易所买卖（放开式基金一天只能买卖一次），而ETF与封闭式基金最类似之处亦在于两者都能随时在交易所买卖。
（二）ETF的初级交易模式
受于ETF采取的是“放开式的信托架构”与“指数证券化”的概念，所以有个非常特殊的机制———申购与赎回机制，可使ETFs的资产净值与当前市价差距差不多为零，否则将显现套利机会，该套利机制仅供应给初级市场交易。本交易有两项特色：一是ETF的初级市场交易仅允许参与券商执行，二是创设与赎回机制务必以实物执行，而非传统的现金交易，也就是说参与券商务必拿一揽子股票来换ETF受益凭证，或是用ETF受益凭证赎回一揽子股票。创设机制是指申购人可以于任何一运营日，委托参与证券商依规定程序，以构成实物申购对价的股票以及现金差额向基金管理公司执行实物申购。赎回机制与创设机制相反，投资者将基数或整数倍的ETF基金单位交还ETF管理机构，管理机构则依照指数权重将固定比例的股票及现金差额转入投资者在证券交易所的托管账户。至于现金差额，是ETF管理公司于每一运营日净值计算完成后订定事实基准现金差额乘以事实申购基数，实物基准现金差额为每一实物申购基数相对之净资产扣减当日一揽子股票市值。
值得注意的是，ETF的市价是紧贴净值，并没有会像封闭式基金一样显现大幅折溢价。ETF之所以不会显现大幅折溢价困难在于其拥有独特申购/赎回机制。简单的说，当ETF的次级市场交易价格相对其资产净值发生溢价情形时，机构投资者往往会先买进与ETF指数构成结构统一的“实物股票组合”，然后在初级市场申购ETF,再将ETF在次级市场以好于资产净值的单价出售以赚取中间利差；反之，当ETF的单价相对于其资产净值造成折价情形时，机构投资人就会在次级市场以差于资产净值的单价大批买进ETF，然后在初级市场赎回ETF，换回股票组合，再在次级市场将股票出售而获利。