ETF均追踪某一个特定的指数，即ETF的“标的指数”。标的指数的选择是影响ETF产品成功的重要原因之一。一般ETF的“标的指数”要求具有知名度、市场代表性、不错的流动性和编制平稳、客观与透明的特点。
指数的选取关系到ETF成功与否，应首要考虑下方方面：
一.指数的代表性
跟踪指数一般以世界、国家、行业、大型股、中型股等显现为标的。在决定ETF的发行目的后，选取的指数应具代表性，能充分反应市场行情。以单一市场指数为例，指数代表性可以几种方式衡量：（a）市值覆盖率，指的是跟踪指数的市值占该市场股票总市值的百分比；（b）行业分布权重与整体市场统一；（c）跟踪指数与整体市场的有关系数应靠近1（即β≈1）。
二.指数成分股的调整频率不宜太高
ETF为了能跟踪指数，务必保持投资管理中成分股的权重与指数相统一，若指数成分股调整频率过高，ETF基金经理将必须伴随指数的变动调整投资管理，增长ETF的交易成本，进而产生跟踪误差。
三.指数的知名度
一个历史悠久的指数作为标的指数时有很大的优势，反之，一个新的指数需要很长时间来建立市场公信力与认知度。若ETF建立在知名度较差的指数上，其吸引的投资人较为片面，资产范围也较小，市场推广活动相对问题。
比如，恒生指数已广为香港投资人熟悉，建立在它之上的盈富基金也所以得益，极易吸引到广大的投资群族，包含国内外机构及个人投资人。相反，MSCI香港指数较为国际机构投资人所认可，但一般的投资人对MSCI香港指数的单价、成分股及编制方法都不熟悉，所以以MSCI香港指数为标的的iShare香港ETF只能吸引一部分国外机构投资人，无论是基金资产范围或成交量都较为逊色。这也是为何跟踪当地市场著名指数的ETF一般更具范围及流动性的首要原因之一。
四.透明度
指数的信息应高度透明。
五.客观性
指数的编制方法应尽量客观，才会被投资人认同。
六.指数的类型
纵观全球成功的ETF，多是以“部分合成”指数为标的。“全市场指数”理论上是最能代表整体股市的状况，但操作上的问题及额外成本往往多于它的优点。“全市场指数”成分股变动较频繁，任何一家公司的巨大改变或每次有新公司上市全将影响指数内的个股权重，被动式组合如ETF便要跟随而调整，增长交易成本。更重要的是，“全市场指数”包含很多小型兼流动性不足的股票，ETF在跟踪这类标的时需采取最优化或抽样化管理方法，所以产生跟踪误差。而跟踪误差会增长ETF与期货之间的套利风险，直接冲击投资者运用ETF套利的意向。