持有份额比本金少并没有是亏损了。基金持有份额是依据基金净值来计算的，比如某投资人买入了1万元某基金产品，申购费率为0，申购日的基金份额净值为1.0200，那么申购份额=10000/1.0200=9803.92，此时投资人持有份额就要差于投资本金。
持有份额比本金少是一种正常现象。每一份基金份额代表的就是代表的就是基金的净值，基金的净值持续改变，它的总价值也是持续改变的，基金的总资产=基金净值×份额，即便持有份额比本金少也不能觉得就是亏了，所持份额和投资的盈利或亏损没相关系。
基金持有份额和本金不同的原因：
1、申购基金存在手续费，将申购费直接从金额中扣除，会致使申购的钱变少。同一个基金产品分为A类和C类，A类需要基金申购费，费用直接在申购的资金中扣除，所以申购费用和基黄金市场值之和才是本金。
2、基黄金市场值的持续改变，致使基金的资产亦在持续改变。由于基金也是及时改变的，假使股价持续改变，那么基金的持有份额不会变，但是基金净值会更改，进而投资人持有的基金资产也会改变。
3、基金产品净值大于1，基金的持有份额就会比买入的金额少。