在跨市场沪深300ETF套利中，投资人不能忽略其中三大风险，分别为深市股票现金替代风险、跨市场交易规则风险和套利阶段市场风险。
首先，深市股票现金替代风险。华泰柏瑞沪深300ETF在上交所上市交易，上海的股票自然可以换购，但深圳的股票却不能换购，务必执行现金替代。
而由华泰柏瑞基金管理公司来代买深市股票，这一过程存在着一部分一定程度的成本不可控原因。相对于整个套利资产来看，所占比重有机会并没有是很高，但投资人的套利空间本来就不大，但打击成本或许会更高。比如股市忽然暴涨，大批买单需要交给基金公司去买，这是成本会增长；反之忽然暴跌的时机，交给基金公司去卖也有风险。
其次，跨市场交易规则风险。华泰柏瑞沪深300ETF可以抓住日间价差回归的可能，但投资人不要忽略了沪深两市的交易制度不同。
比较显著的一个例子是深市股票交易的最后三分种采取集合竞价，最后3分钟的沪深300指数表现无法反应深市股票的上行或下挫预期。
假使投资人下午2点57分申购华泰柏瑞沪深300ETF，那么基金公司就要拿投资人的钱参与最后3分钟集合竞价，当天买不足的情形下，只能第二天再去买，交易规则不同导致适当的风险。
第三，套利阶段的市场风险。参与华泰柏瑞沪深300ETF绝大部分采取日内套利，需要承受的市场风险不大。
嘉实沪深300ETF的申购是“T+2”到账，套利阶段的市场风险比较显著，所以一般套利投资人不会去冒这个风险。投资人需要通过股指期货或嘉实沪深300ETF纳入两融后的融券交易来对冲风险。