在交易制度上，主板市场与中小企业板块有一部分不同之处，所以，在投资上也存在适当的差异。投资人需要加以解析并注意这些投资要点，特别要注意集合竞价的差别。
1.当前主板市场每天只有一次集合竞价，中小企业板每天有两次集合竞价，第二次是收盘集合竞价，时间为14：57到15：00。
2.上午9：20到9：25之间，深圳证券交易所主机不接受中小企业股票的撤消申报。
3.受于中小企业股票的收盘价通过收盘前最后三分钟集合竞价的方式造成，一部分习惯于在收盘操作的投资人要注意，这段时间是不可以接连竞价买卖的。
4.中小企业板块股票在开盘集合竞价阶段，深交所主机即时揭示中小企业股票的开盘参考价格、匹配量和未匹配量，增长了开盘集合竞价的透明度。投资人要将匹配量和未匹配量作为新的分析指标，研判开盘价后面的事实买卖情形，了解主力资金的动向。
中小企业板块不仅要像主板一样，对涨降幅偏离值高达±7%的各前三只股票披露，还增长了日价格震幅高达15%的前三只股票、日换手率高达20%的前三只股票做披露的规定。
此外，规定中小企业股票交易属于异常波动的应该停牌。与主板市场有显著区别的是，对于异常波动规模的界定，还增长了换手率异常的新条件：即接连三个交易日间日均换手率，与前五个交易日的日均换手率的比值高达30倍,而且该股接连三个交易日间的总计换手率高达20%的。
对于这类换手率异常的股票，投资人要坚决回避；假使处在赢利状态的，要立刻止盈出场，以免被交易所的停牌耽误操作。